Komšić mengetuai parti politiknya Inisiatif Baru Croatian selama dua tahun sehingga Oktober 1995, meninggalkan parti itu pada tahun berikutnya apabila dia menamatkan perlumbaan di tempat kedua dalam pilihan raya 1996. Beliau menyertai Parti Demokratik Sosial berikut kerugian. Selepas satu lagi kalah dalam pilihan raya pada tahun 2002, Komšić menyertai Kesatuan Demokratik Sosial. Beliau adalah pengerusi Dewan Rakyat Persekutuan Bosnia dan Herzegovina antara tahun 2000 dan 2002. Di antara tahun 2006 dan 2010 beliau adalah seorang wakil di Dewan Rakyat Persekutuan Bosnia dan Herzegovina. Pada tahun 2010, beliau dilantik sebagai Dekan Fakulti Falsafah daripada University of Sarajevo.

Komšić telah squabbled dengan Bosnia Serb ahli politik nasionalis Milorad Dodik beberapa kali. Apabila Dodik berkata tiada ahli politik dari entiti Republika Srpska (RS) Bosnia dan Herzegovina akan mengambil bahagian dalam peringatan seratus tahun ketika itu akan datang daripada pembunuhan Archduke Franz Ferdinand dari Austria oleh Serb Gavrilo Princip, dan bahawa peringatan hanya akan menjadi digunakan sebagai satu helah untuk mengapi-apikan kebencian terhadap orang-orang Serbia, Komšić menjawab dengan mengatakan bahawa Dodik tidak mempunyai suara dalam apa yang berlaku di dalam Sarajevo, dan beliau berharap tidak lama lagi, Dodik tidak akan mempunyai apa-apa berkata dalam apa yang berlaku di dalam RS sama ada. Kedutaan Perancis di Sarajevo menolak kenyataan yang dibuat oleh Dodik mengenai peristiwa-peristiwa yang dirancang, berkata peringatan untuk bertujuan untuk menghantar mesej keamanan.

Dodik dipercayai telah bersembunyi di sebalik pemasangan September 2014 salib yang tidak dibenarkan gergasi di Zlatište bukit di Mount Trebević menghadap Sarajevo. Komšić menuduhnya memasang salib untuk meningkatkan beliau menjatuhkan Kedudukan politik di kalangan orang-orang Serbia di Republika Srpska sebelum pilihan raya yang akan datang. Komšić lisan mengutuk pemasangan salib. Beliau menggesa Sarajevans untuk bertindak balas kepada "provokasi jelas yang merupakan sebahagian daripada kempen pilihan raya."